TheMetaNews à tester en juin : une newsletter d'actu de la recherche, pensée pour les chercheurs

TheMetaNews [TMN] est le premier titre de presse pensé pour les chercheurs, sous la forme d' une newsletter rapide à lire, 2 à 3 fois par semaine. 

Revue indépendante, elle balaie toute l’actualité de la recherche en France et à l'international, sans publicité.

Les bibliothèques de La Réunion vous proposent de devenir testeurs de TheMetaNews et de recevoir deux à trois numéros par semaine par email jusqu’à fin juin :

  • OutsideLab (tous les mercredis)
  • InsideLab (tous les vendredis)
  • BeyondLab (un lundi sur deux)

Pour tester, cliquez sur ce lien et inscrivez-vous gratuitement : http://eepurl.com/hdq1pv

Intégrité scientifique / Reproductibilité de la recherche : quelques pistes pour faire le point


En période de crise sanitaire ou de grande controverse sociétale, la science suit son cours, bien souvent avec les mêmes forces et faiblesses que d'ordinaire... mais avec une attention nouvelle portée par le grand public et les médias généraliste. Puisqu'on y parle beaucoup de bonne ou mauvaise science, vos BU proposent des pistes pour éclairer quelques notions de la galaxie de l' "intégrité scientifique" .

#1 Reproductibilité et transparence
#2 Rétractation d'articles en cas d'inconduite
#... A suivre 🙂

Les publications scientifiques servent à documenter les travaux des chercheurs pour en partager les résultats et nourrir la conversation scientifique. Dans ce dialogue d'après publication, il s'agit de soulever de nouvelles questions ou de pointer des désaccords, jusqu'à la construction d'un consensus que l'on qualifiera d' "avancée scientifique". Pour cela, le chercheur doit d'abord décrire la méthodologie employée, en plus de l'hypothèse de départ et des résultats de l'expérience : le matériel, les indicateurs retenus, la méthode de relevés de données, les calculs, etc. C'est ce qui rendra l'expérience, ou l'étude, reproductible : “une recherche dont les résultats publiés peuvent être reproduits” (cf. note 1).

"Mais qui se donne la peine de refaire les expériences qui mériteraient pourtant confirmation ? ", interroge Dominique Dupagne dans sa chronique sur France Inter.

3 minutes audio pour comprendre

"Le sujet est ancien, mais la situation semble avoir atteint un point critique : des études récentes ont par exemple démontré que de nombreux résultats d’études pré-cliniques, cliniques ou psychologiques ne pouvaient être reproduits et donc confirmés" (note 1). C'est une grande source de frustration pour les chercheurs, tant auteurs que lecteurs :

Pour un chercheur, il n’y a rien de plus frustrant que l’impossibilité de reproduire des résultats majeurs obtenus quelques mois auparavant. Les causes de ce type de déconvenues sont multiples et parfois pernicieuses. Ce phénomène participe à ce que certains identifient comme une “crise de la reproductibilité de la recherche”. (note 1)

C'est pourquoi de nombreux acteurs de la recherche se mobilisent pour diffuser des outils et des méthodes pour améliorer la reproductibilité des travaux scientifiques.

L'EPRIST a publié cette synthèse de 10 pages : qu'est-ce que la reproductibilité, d'où vient ce concept métholodologique, quels sont ses enjeux, quelles perspectives aujourd'hui, etc. (note 2)
Analyse EPRIST "la Recherche en crise de reproductibilité ? (PDF, avril 2020)

FUN-MOOC propose un cours en ligne accessible à tous pour approfondir les méthodes et les outils de la reproductibilité : Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente . L'INRIA, Institut national de recherche en informatique et en automatique, y présente des outils pour documenter les différentes étapes de ses travaux, avec notamment la prise de notes structurée et l'indexation numérique, le suivi de versions, etc.

Cas pratiques en situation : de l'identification des problèmes aux solutions : ce petit ouvrage complet à destination des étudiants, chercheurs et ingénieurs analyse des pratiques concrètes de recherche. L'objectif est de savoir repérer les symptômes de non-reproductibilité et d'y apporter un remède. "À chaque fois, [l'ouvrage] propose un éventail de solutions allant de bonnes pratiques faciles et rapides à implémenter jusqu’à des outils plus techniques, tous gratuits et mis à l’épreuve par les auteurs eux-mêmes. "

Notes :

(1) Loic Desquilbet, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, et al.. Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques. Unité régionale de formation à l’information scientifique et technique de Bordeaux. pp.1-136, 2019, 979-10-97595-05-0. ffhal-02144142v1f .
Citées ici : p.20, p.16 sur les études sur la non reproductibilité, 4e de couverture.

(2) L'EPRIST est l'association des responsables de l’information scientifique et technique (IST) des organismes de recherche français publics ou d'utilité publique.

Proposition de Gwenaëlle Marchais

Actu de la recherche sur le coronavirus #3 Reviewing : Publications, discussions et évaluation par les pairs

Troisième et dernier volet de notre série sur le suivi de l'actualité de la recherche sur le coronavirus. Au menu :
#1 Accès aux publications sur le Coronavirus
#2 Veille : Veille et cartographie de la recherche scientifique
#3 Reviewing : publications, discussions et évaluation par les pairs

Pour avoir un aperçu des discussions scientifiques relatives à telle ou telle publication, on peut consulter le site web Pubpeer.

Pubpeer est souvent présenté comme un site d'open peer-reviewing ou site web de relecture des publications scientifiques par les pairs. Sa particularité est d'être public, c'est-à-dire librement accessible anonymement, à la fois pour l'accès en lecture et pour déposer des avis. C'est sans doute ce qui a facilité le signalement puis la détection de plusieurs cas de fraude à l'éthique et l'intégrité scientifiques, pouvant mener à la rétractation des publications incriminées (cf. l'affaire voinnet). 

La cellule EPRIST propose une note de synthèse complète sur l'évaluation ouverte : "La conversation scientifique ouverte" . Au menu :
La prochaine révolution du libre accès ?
L'émergence progressive de modèles d'évaluation ouverte
L'évaluation ouverte (non anonyme) nuit-elle à la participation ?
Vers une évaluation sans revue ?

Sur Pubpeer, la recherche se fait par l'identifiant international de l'article scientifique visé (DOI, PubMedID, arXivID) ou bien par auteur ou mots-clés. On peut ainsi suivre en ligne les commentaires méthodologiques concernant des publications liées aux études scientifiques sur les traitements thérapeutiques du Covid-19. 

Plus d'info sur Pubpeer ? 

Actu de la recherche sur le coronavirus #2 Veille documentaire et cartographie de la recherche

Deuxième volet de notre série sur le suivi de l'actualité de la recherche sur le coronavirus. Au menu :

#1 Accès aux publications sur le Coronavirus
#2 Veille : Veille et cartographie de la recherche scientifique
#3 Reviewing : publications, discussions et évaluation par les pairs

Pour faciliter la veille documentaire ou repérer les collaborations internationales, "des chercheurs ont développé un nouvel outil d’analyse et de visualisation des publications scientifiques mondiales et des collaborations, à un niveau de résolution jamais égalé auparavant. Il permet aux laboratoires de mieux connaître la géographie de leurs disciplines ou de suivre l’évolution, en temps réel, des collaborations autour de thématiques émergentes comme le COVID-19." (Source : CNRS).
Infos complètes via le CNRS.

D'autres initiatives sur les publications liées aux coronavirus ont vu le jour en exploitant notamment le méta-corpus de publications scientifiques ISTEX. Voici quelques réalisations expérimentales réalisées dans le cadre du projet lorrain d'ingénierie des connaissances "LorExplor", qui ont pu être affinées avec le retour de chercheurs s'intéressant à des épidémies plus récentes (MERS et SRAS).

Un ensemble de serveurs d'exploration est en cours de montage pour aider les spécialistes à analyser la littérature scientifique sur le sujet :
- Serveur d'exploration Covid - version du 17 mars ; 2700 documents
- Serveur d'exploration Covid (26 mars) ; 3702 documents
- Serveur d'exploration Chloroquine ; 6600 documents
- Serveur d'exploration H2N2 : 5107 documents
- Serveur d'exploration MERS ; 10519 documents
- Serveur d'exploration SRAS : 12 827 documents
Il est complété par la réédition d'ouvrages :
- Actualités sur la grippe aviaire et sa transmission chez l’homme une étude de synthèse produite en 2006 par Thérèse Delvallée.
- La grippe ou influenza, un livre très détaillé de Gustuave André reposant sur des dizaines d'autres ouvrages sur l'épidémie de 1891.

Source : le wiki du projet https://lorexplor.istex.fr/

Présentation du projet Lorexplor ici.

Actu de la recherche sur le coronavirus #1 Accès aux publications

Coronavirus et éléments du SARS-COV-2 - Source : Biorender.com

La Commission Européenne vient de lancer une plateforme de partage de données pour les chercheurs travaillant sur le coronavirus (Communiqué). Cette initiative s'ajoute à celles des éditeurs scientifiques et des sociétés savantes pour faciliter l'accès aux résultats de la recherche et accélérer les études sur le covid19.

#1 Accès : Récapitulatif des ressources exclusives sur le coronavirus :

Enfin la recherche juridique aussi s'intéresse à la crise sanitaire. En témoigne cet article de Philippe Mouro "Coronavirus et fausses informations : Les aléas de la liberté d’expression en période de crise sanitaire", paru dans la Revue des droits et libertés fondamentaux, Centre de Recherches Juridiques de Grenoble, 2020, Chronique n° 33. hal-02545887 https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02545887

A venir :
#2 Veille : Veille et cartographie de la recherche scientifique
#3 Reviewing : publications, discussions et évaluation par les pairs

La fable de la cartouche d'encre (et les publications de chercheurs)

Voici une anecdote intéressante. Cet internaute a souscrit un abonnement mensuel d'encre pour imprimante. Le jour où il résilie le contrat, ne sachant plus vraiment à quoi correspondait cette dépense au nom peu évocateur, il découvre qu'il ne peut plus rien imprimer, malgré l'encre disponible dans les cartouches. Pour continuer d'utiliser son imprimante (et imprimer ce qu'il avait prévu d'imprimer), ce monsieur devra rendre les cartouches "interdites" à son prestataire et en acheter de nouvelles auprès d'un autre vendeur. Son étonnement, partagé sur Twitter, est alors relayé sur le web.

Et vous, cela vous étonne ?

Bibliothécaires et chercheurs, eux, risquent de ne pas être étonnés. En effet, l'encre est une belle métaphore des publications scientifiques des chercheurs.

Regardons de plus près : Ce monsieur a souscrit un abonnement qui offre un service, en l'occurence un accès garanti à l'encre de cartouches livrées et pilotées à distance selon sa consommation réelle. Tant que le contrat demeure, l'abonné est ainsi sûr de ne jamais manquer d'encre et d'avoir toujours le bon stock d'encre nécessaire en temps utile. Lorsque l'abonnement est résilié, le service d'accès à l'encre est coupé. C'est très clair dans la foire au question du vendeur (source BFMtv ).

A présent, imaginons que l'encre est en fait l'encre de nos chercheurs, ou, formulée autrement, la production scientifique des chercheurs. Je souscris depuis 15 ans un abonnement numérique à 1200 revues chez TelEditeur : chaque année, j'accède aux nouvelles publications des revues, qui viennent s'ajouter aux précédentes, comme jadis sur les rayons de mes étagères. Le jour où j'arrête, parce que mon budget a baissé par exemple, je perds tout, y compris les publications des numéros des 15 années souscrites précédemment.

Cela rend les collections numériques particulièrement fragiles au regard de la pérennité que la communauté université est pourtant en droit d'attendre de ses bibliothèques en matière de constitution pluriannuelle d'un fonds documentaire universitaire. On comprend aussi que les baisses budgétaires créent de grandes disparités d'accès entre chercheurs, selon leur établissement de rattachement.

Alerté depuis de nombreuses années sur les défauts de ce système éditorial, l'Etat a proposé en réaction d'acheter massivement les anciens numéros des revues, pour des accès pérennes garantis. C'est le dispositif ISTEX dont nous parlons régulièrement ici même et qui vient ainsi compléter les abonnements annuels locaux des établissements. L'Université de La Réunion bénéficie ainsi de l'ensemble des numéros de la revue Nature depuis sa création jusqu'en 2012.

Licencesnationales.fr / Istex / IDEX

Mais là encore, les contrats donnent lieu à quelques particularités qui font que l'accès "pérenne" implique parfois qu'il faille changer de site web au bout de quelques années. Ainsi, les anciens numéros des revues Wiley, achetés nationalement, sont accessibles sur Wiley Online, aux côtés des numéros actuels, mais seulement jusqu'au 31/01/2020. A partir du 1er février, ces accès seront coupés et le chercheur souhaitant consulter ces archives (ie. les numéros antérieurs à 1997) devront aller sur la plateforme nationale ISTEX (istex.fr), qui a vocation à héberger l'intégralité des corpus d'archives de revues et livres numériques achetés nationalement via le dispositif ISTEX.

Un autre levier pour améliorer et/ou contourner le système actuel de publication est le mouvement de l'Open Access, dont nous parlons également beaucoup ici sur ce blog.

Notes : BFMtv, Clubic, Yahoo!, etc. | Images : Unsplash, domaine public, ISTEX. |
Billet rédigé par Gwenaëlle Marchais, responsable de la BU Numérique.

Ma BU dans Pubmed

Pubmed est le principal moteur de recherche spécialisé dans les publications scientifiques des domaines liés à la santé, la médecine et la biologie. Puissant et précis, il permet d'identifier rapidement des sources de qualité.

Comme pour Google Scholar, il est désormais possible de paramétrer votre session Pubmed avec les collections numériques de l'Université de La Réunion : cela affiche un bouton spécial "Accès@UnivRéunion" qui vous permet d'accéder en un clic à la publication, lorsqu'elle est disponible dans nos collections.

Comment mettre ma BU dans Pubmed

  • Sur Pubmed, il faut vous créer un compte individuel via le menu "Sign in to NCBI" puis "Register for an NCBI account".
  • Une fois identifié, cliquez sur MyNCBI > NCBI Site Preferences > Pubmed Preferences > Outside tool.

  • Dans la liste alphabétique qui s'affiche, cherchez UnivReunion ou Reunion puis Sauvegardez.
  • Pour chaque référence d'article, le bouton Accès@UnivReunion apparaîtra pour vous permettre d'accéder en 1 clic à l'article via nos abonnements.

Articles liés :

Ma BU dans Google Scholar (1)
Ma BU dans Google Scholar (2) Etre alerté par email des nouveaux articles
Les 3 fonctionnalités cachées de Google Scholar5

Besoin d'aide sur Pubmed ? contactez-nous 

Repéré pour vous : Vidéos sur l'éthique de la recherche

Vous avez sans doute déjà entendu parler de polémiques scientifiques, parfois aussi de conflits d'intérêts, de "fraude scientifique" ou tout simplement de plagiat ou de biais dans les études académiques ? Tout cela pose la question de l'intégrité scientifique et de la déontologie de la recherche, deux sujets féconds qui font actuellement l'objet de nombreuses discussions entre chercheurs. Preuve de la vitalité de la recherche, s'il en fallait !

L'Université de La Réunion s'est d'ailleurs dotée successivement de deux charges de mission "Ethique et Déontologie "et "Certification et intégrité scientifique", portées respectivement par le Professeur Monsieur Harry Boyer (2017) et la Docteure Madame Katia Angue (2018). Ces nominations s'inscrivent  "dans la déclinaison locale d'une dynamique internationale et nationale de construction d'une politique d’intégrité scientifique et d'une déontologie des métiers de la recherche" (1).

Pour en savoir plus sur ces sujets, nous avons repéré ces vidéos d’introduction à l’éthique de la recherche et à l’intégrité scientifique proposées par l'Université de Paris-Saclay : https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/polethis-les-essentiels-c

Aperçu de quelques thématiques abordées :

Note : (1) Frédéric MIRANVILLE, Président de l'Université de La Réunion
Les lettres de mission sont disponibles sur cette page : http://www.univ-reunion.fr//luniversite/organisation/equipe-presidentielle/lettres-de-mission/

ScanR, l'appli web qui scanne les acteurs de la recherche en France

Le Ministère de lʼEnseignement supérieur, de la Recherche et de lʼInnovation invite l'ensemble des communautés de l'ESR à définir les évolutions de scanR, le "Moteur de la Recherche et de l'Innovation" via un questionnaire en ligne. Il s'agit de choisir et classer des propositions de nouvelles fonctionnalités pour continuer l'enrichissement des données de scanR. Pour cela, il peut sembler utile de revenir sur une présentation de scanR.
ScanR est un moteur de recherche spécialisé pour identifier des acteurs de la recherche, publics comme privés (R&D entreprises). Il a la particularité d'exploiter à la fois les noms des structures, les descriptions des projets de recherche en cours, les publications, les brevets déposés, les rapports HCERES, etc. Autant de données issues de sources disparates, toutes agrégées dans les fiches descriptives. C'est donc très puissant. Voici quelques exemples d'usages :
Quelques mots sur le fonctionnement :
  • ScanR est adossé sur le RNSR , le Répertoire national des structures de recherche, géré par le ministère, qui lui fournit la liste des structures avec une fiche descriptive.
  • Mais cela ne suffit pas pour identifier efficacement une structure pour un besoin précis : par exemple, qui travaille sur le moustique en France? 
  • C'est pourquoi ScanR moissonne également les contenus des sites web des structures repérées ainsi que des sources extérieures comme les bases de brevets (INPI), les bases de publications (HAL, CrossRef, ProdINRA...), les rapports d'évaluation HCERES.
  • Tout est enfin agrégé dans la fiche scanR de la structure, très détaillée : équipes, présences sur le web, mots clés et thématiques, historique, tutelles, projets, brevets, publications, entreprises essaimées. Exemple du labo MIGEVEC : https://scanr.enseignementsup-recherche.gouv.fr/structure/201119437J.
  • Le tout est en open data pour réutilisation libre et ouverte, massive et facile (API fournie etc.)
Dans le cas du moustique, le labo MIGEVEC est remonté dans les résultats de notre recherche notamment parce qu'il est à l'origine de publications sur le moustique, identifiées sur HAL ou Crossref. C'est aussi parce que le descriptif de l'un des projets de l'équipe de recherche cite le moustique. Ces "raisons" figurent clairement dans les résultats (cf. flèches rouges de la copie d'écran) :

ScanR est en "version bêta" pour évoluer selon les retours des utilisateurs. Les données peuvent être enrichies par de nouvelles sources. On peut également envisager développer de nouvelles fonctionnalités comme l'accès à des fiches personnes avec leurs postes successifs, leurs projets, les mots-clés associés, leurs publications, leurs citations, etc. ou un service "Chercher un expert sur un sujet donné". Ou faciliter les visualisations territoriales des informations. 22 propositions sont faites. A vous d'en retenir jusqu'à 10 maximum et de les classer.

Pour voir les propositions et participer à l'enquête, le questionnaire est disponible ici : https://formulaires.enseignementsup-recherche.pro/index.php/survey/index/sid/449396/token/Ea7maT3gIhzRT6XeyRsp/lang/fr/newtest/Y 

Bilan du programme national ISTEX, une initiative d’excellence en IST

Licencesnationales.fr / Istex / IDEX

ISTEX est une initiative d’excellence (-EX) dans le domaine de l'information scientifique et technique (IST-). Autrement dit, dans le domaine de la documentation des chercheurs (publications, corpus, données) et des usages que l'on peut en tirer (rédiger, citer, publier, veiller...).

Pour rappel, ce dispositif entrait dans les « Initiatives d’avenir » lancées par le ministère ESR, à hauteur de 60 millions d'euros répartis initialement sur 3 ans. Il avait deux vocations : l’acquisition nationale de ressources documentaires accessibles en ligne et la création d’une plateforme numérique de valorisation. Avec pour ambition :

Construire le socle de la bibliothèque scientifique numérique nationale.

A présent que le programme est arrivé à son terme, quel bilan peut-on en tirer ? Quelques mots sur l'aboutissement des deux volets.

L’acquisition de grands corpus documentaires scientifiques numériques a concerné principalement des collections rétrospectives de revues et de livres électroniques des grands acteurs de l’édition académique. Il s'agit au final de plus de 18,5 millions de documents issus d'une vingtaine d'éditeurs. Nous retrouvons ainsi : Brill, Brepols, BMJ, Cambridge, Garnier, De Gruyter, Duke, EDP Sciences, Elsevier, Emerald, Gale, GSL, IOP, Lavoisier, Nature, New Pauly, Numérique Premium, OpenEdition, Oxford, Proquest, La Haye, RSC, Royal Society of London, Sage, Springer, Taylor & Francis, Wiley. Les publications concernées remontent souvent à la création de la revue jusqu’aux parutions des années 2000 (parfois 2010 ou 2012). On parle ainsi d’ « archives » par opposition aux abonnements courants des établissements qui donnent accès aux dernières parutions des revues ou livres numériques. Ces collections nationales ISTEX complètent donc l’offre locale de chaque institution. Les accès sont pérennes et fonctionnent depuis les établissements comme en dehors (logins institutionnels).

Chantiers d'usages ISTEX
Exemples d'utilisations du méta-corpusBig oil, de jumpinjimmyjava, licence CC-BY-2.0
Accès aux ressources
Liste complète des ressources ISTEX 
La plateforme ISTEX, elle, propose l’intégralité des ressources ISTEX, qui ont été retravaillées pour une forme numérique enrichie [1] : indexation et sémantisation du texte intégral et du contexte de publication (extraction des citations et des liens entre publications, repérage des entités nommées comme les personnes, les lieux, les nomenclatures, les projets financés ou les dates cités dans les textes, etc.), tout cela afin de permettre des usages avancés. En effet, plus qu’une plateforme d’archivage et d’accès qui viendrait s’ajouter aux plateformes des éditeurs, la plateforme ISTEX est conçue pour proposer des services d’usages avancés qui exploitent tout ou partie du méta-corpus ISTEX. On peut penser par exemple à la fouille automatique de texte ou à l’extraction de connaissance à partir de texte (text and data mining ou TDM, traitement automatique du langage ou TAL).

Concrètement, vous pouvez tester le corpus ISTEX sous plusieurs formes :

Gros plan sur des utilisations possibles d'ISTEX. Encore en phase expérimentale, voici quelques exemples d’exploitation du méta-corpus ISTEX par des établissements testeurs. Les diaporamas sont disponibles pour chaque fiche projet : cliquez sur son nom pour y accéder.

ReITEX : « Ce projet a pour objectif d’utiliser l’important volume des données ISTEX pour valider des méthodes d’extraction d’informations et de connaissances à partir du plein texte dans le cadre de travaux de traitement automatique des langues »

NEOTEX : L’objectif du projet est d’accompagner un chercheur « néophyte » dans  une recherche documentaire exploratoire : le néophyte ne connait pas encore les termes scientifiques clés du domaine, les auteurs spécialistes ou les articles de référence. Le projet propose de déterminer les « bons documents » les plus pertinents pour débuter, puis ceux pour approfondir ses connaissances dans une direction spécifique.

Chantier  thématique sur les Terres Rares : étudier la possibilité d’enrichir la bibliographie des chercheurs autour du thème des Terres rares par l’identification des publications sur ce domaine et leur cartographie informationnelle.

3ST : construire un outil de lecture assistée par ordinateur via le surlignage sémantique des textes scientifiques.

Alpage : rendre exploitable l’information contenue dans la littérature scientifique et technique (fouille de textes scientifiques et annotation sémantique)

Projet Biosystémique : recherche automatisée de résultats expérimentaux dans les publications scientifiques concernant la biologie systémique afin de détecter les voies de signalisation des récepteurs couplés aux protéines G et d’en établir le réseau (relations attendues, nouvelles relations…).

TERRE-ISTEX : projet interdisciplinaire qui « a pour objectif d’identifier l’évolution des fronts de recherche en relation avec les territoires d’études, les croisements disciplinaires ainsi que les modalités concrètes de recherche ». 3 volets : 1) identifier les périodes et les lieux qui ont fait l’objet d’études empiriques et dont rendent compte les publications issues des corpus analysés, 2) identifier les approches (méthodes et concepts) mobilisées pour la réalisation de ces études 3) développer un démonstrateur Web de recherche d’information géographique (RIG).

FULLLAB : comparer la quantité d’informations livrée par l’abstract avec celle du texte intégral de l’article qu’il résume et mesurer le « taux de générosité » de l’abstract suivant le contexte de publication. L’enjeu est notamment une meilleure connaissance de la littérature scientifique (clés pour la rédaction efficace d’un abstract voire génération automatique, meilleure stratégie économique dans le choix des abonnements…).

Listes des ressources ISTEX avec accès UnivRéunion :
pour en profiter en toute mobilité, utilisez vos logins UnivRéunion
American chemical society - ACS 37 revues scientifiques dans le domaine de la chimie publiées par l'American Chemical Society des origines à 2008. Accès UnivRéunion
Brepols Publishers – revues 45 titres des origines, le fascicule le plus ancien datant de 1882, à 2012, publiés par Brepols Publishers, maison d’édition belge créée en 1796 et spécialisée en histoire ancienne et médiévale, littérature, linguistique, pensée et théologie médiévales. Accès UnivRéunion
Brepols Publishers – ebooks 849 titres, dont les Miscellanea, publiés par Brepols Publishers, maison d’édition belge créée en 1796 et spécialisée en histoire ancienne et médiévale, littérature, linguistique, pensée et théologie médiévales. Accès UnivRéunion
Brill – revues 220 titres de revues scientifiques publiées par Brill depuis les origines jusqu’à 2012, consacrées principalement aux humanités, aux sciences sociales, au droit international et aux droits de l’homme et à la biologie. Accès UnivRéunion
British Medical Journal – revues 64 titres de revues médicales publiées par le BMJ, branche édition de l’association des médecins britanniques (BMA) depuis les origines jusqu’à 2013. Accès UnivRéunion
Cambridge University Press – ebooks 110 titres de livres publiées par le CUP, en sciences politiques et relations internationales. La liste de ces 110 titres sera établie à partir des consultations de 2400 livres en test du 01/01 au 15/07/2020. Les titres finaux seront accessibles sur Cambridge, puis à partir de 2025 sur la plateforme ISTEX. Financement GIS GollEX-Persée. Accès UnivRéunion
Cambridge University Press – revues 312 titres de revues publiées par le CUP, traitant de toutes les disciplines scientifiques, bien qu’à forte dominante SHS, depuis les origines jusqu’à 2010 (voire 2014 pour certains titres). Accès UnivRéunion
Classiques Garnier Numérique Grand Corpus des dictionnaires (24 dictionnaires qui couvrent l’évolution de la langue française sur douze siècles)Grand Corpus des grammaires françaises, des remarques et des traités sur la langue (comprend les grammaires françaises de la Renaissance, les grammaires françaises du 17e siècle et les remarques sur la langue française). Accès UnivRéunion
De Gruyter – revues 474 titres de revues scientifiques publiées par De Gruyter depuis les origines jusqu’à 2012. Accès UnivRéunion
De Gruyter – ebooks - 223 titres de livres numériques en langue française, publiés entre 1965 et 2017 dans sept disciplines des sciences humaines : art et architecture, études classiques, histoire, linguistique, littérature, philosophie, théologie et religion. Accès UnivRéunion
- 1291 livres de la collection Classical and Ancien Near Eastern Studies, publiés de 1990 à 2019 (ainsi qu'une partie des publications 2020). Financement GIS GollEX-Persée.
Accès UnivRéunion
Droz : Calvin Oeuvres de et autour de Jean Calvin, publiées jusqu'en 2016. Accès UnivRéunion
Droz : Humanisme et Renaissance Sources et études critiques qui traitent de la période entre 1450 et la mort de Henri IV, publiées jusqu'en 2016. Accès UnivRéunion
Duke University Press – Duke Mathematical Journal 161 volumes des origines (1935) jusqu’à 2012. Accès UnivRéunion
EDP Sciences - revues 90 titres de revue, souvent depuis leur premier numéro et jusqu’en 2012, dans les domaines allant des mathématiques aux sciences du vivant en passant par la physique et la biologie. Inclus : les prestigieux titres Journal de Physique et Le Radium. Accès UnivRéunion
Elsevier – revues Plus de 2200 titres de revues scientifiques publiées par Elsevier depuis les origines jusqu’à 2001. Accès UnivRéunion
Emerald – revues 362 revues publiées par Emerald, principalement en commerce, gestion et économie, de 1898 à 2010 inclus. Accès UnivRéunion
Gale Cengage Learning – ECCO Plus de 180 000 titres (200 000 volumes) imprimés entre 1701 et 1800 en Grande-Bretagne et dans les colonies britanniques. Accès UnivRéunion
Geological Society Publishing 305 volumes publiés entre 1964 et 2008, issus des Special Publications de la Lyell Collection. Accès UnivRéunion
Institute of Physics Publishing – revues 107 titres de revues scientifiques publiées par l’Institute of Physics depuis les origines jusqu’à 2012. Accès UnivRéunion
Lavoisier - revues 32 titres de revues, parfois depuis le premier numéro et jusqu’en 2013 inclus. dont des revues majeures en médecine, notamment Douleur et Analgésie ; Côlon & rectum ; Obésité ou encore Oncologie. Accès UnivRéunion : via plateforme ISTEX
Nature – revues Nature, la revue scientifique généraliste de référence, des origines (1869) jusqu’en 2012 « Nature branded journals » des origines jusqu’en 2012. Accès UnivRéunion
New Pauly Online Encyclopédie de référence en sciences de l’Antiquité, dans sa version anglaise et allemande. Accès UnivRéunion
Numérique Premium 2 bouquets, « Littérature française et francophone » et « Révolution française et Premier Empire », composés de 268 ouvrages publiés entre 1962 et 2015. Accès UnivRéunion
OpenEdition – ebooks 1195 ouvrages de recherche en histoire, anthropologie et sociologie, publiés de 2003 à 2017 par 38 presses universitaires et sociétés savantes telles que CNRS Editions, ENS Editions, IRD Editions, Editions de la Maison des Sciences de l’Homme, Presses universitaires du Septentrion/de la Méditerranée/d’Aix-Marseille, ou encore les Publications de la Sorbonne. Accès UnivRéunion
Oxford University Press – revues 264 titres de revues scientifiques publiées par les presses universitaires de la prestigieuse Oxford University depuis les origines jusqu’à 2010. Accès UnivRéunion
ProQuest – Early English Books Online Version numérisée de l’intégralité des ouvrages imprimés entre 1473 et 1700 en Angleterre, en Irlande, en Ecosse, au Pays de Galles et dans les colonies britanniques d’Amérique du Nord, ainsi que les ouvrages en langue anglaise imprimés ailleurs. Accès UnivRéunion
Recueils des cours de l’Académie de La Haye 338 volumes de cours dispensés à l’Académie de droit international de La Haye, des origines (1923) jusqu’en 2012, formant une collection encyclopédique sur le droit international15 titres de colloques (1969-2008)8 titres du Centre for Studies and Research in International Law and International Relations (2000-2008)7 titres de The Law Books of the Academy (1988-2010). Accès UnivRéunion
Royal Society of Chemistry – revues 118 titres de revues scientifiques publiées par la Royal Society of Chemistry depuis les origines jusqu’à 2010. Accès UnivRéunion
Royal Society of Chemistry – ebooks 1200 livres publiés par la Royal Society of Chemistry entre 1968 et 2014. Accès UnivRéunion
Royal Society of London - revues 9 titres publiés par la Royal Society, depuis les origines jusqu’à 2014 inclus : Proceedings A et B, Philosophical Transactions A et B, Notes and Records, Biographical Memoirs, Interface et Interface focus, ainsi que Biology Letters. Accès UnivRéunion
Sage – revues 748 titres de revues scientifiques publiées par Sage depuis les origines jusqu’à 2009. Accès UnivRéunion
Springer – ebooks Plus de 7500 titres de livres électroniques publiés jusqu’en 2004 et issus de 16 séries d’ebooks. Accès UnivRéunion
Springer – revues Plus de 1000 titres de revues scientifiques publiées par Springer depuis les origines jusqu’à 1996. Accès UnivRéunion
Springer Nature – ebooks 33 000 titres, des origines à 2013 inclus, comprenant l’ensemble de la production de chaque année éditoriale, issus de 4 collections en mathématiques et statistiques, physique et astronomie, chimie et science des matériaux, sciences de l’ingénieur.
600 titres publiés en 2013 et issus des LNCS – Lecture Notes in Computer Science. Accès UnivRéunion
Taylor & Francis – ebooks 1494 livres en sciences politiques et relations internationales publiés par Taylor & Francis entre 1977 et 2012. Accès UnivRéunion
Wiley – revues Près de 2200 titres de revues scientifiques publiées par Wiley depuis les origines jusqu’à 2016. Accès UnivRéunion

Images : Big oil, de jumpinjimmyjava (licence CC-BY) et OpenSourceWay (licence CC-BY-SA)

Notes

Semaine du Libre Accès 2017 #2 Actualité des modes de publication scientifique : les preprints

Depuis plusieurs mois, le paysage informationnel scientifique connait un fort développement des plateformes web de preprints. En chimie et sciences de la vie, six archives d'articles librement accessibles en ligne ont ainsi ouvert dans les derniers mois :

 

 

Le mot Preprint, ou pré-publication désigne un article qui n'a pas encore été publié dans une revue mais dont les résultats deviennent publics via un entrepôt en ligne (repository ou encore archive). Ces plateformes web librement accessibles assurent à la fois stockage et diffusion en ligne des articles, comme arXiv.org l'une des premières grandes "archives" ouvertes à la reconnaissance internationale.

Pour faire le point sur les preprints :  Ce court billet de l’excellent blog Redaction Médicale et Scientifique fait le point sur ce mouvement actuel : http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2017/08/les-archives-ouvertes-de-preprints-se-d%C3%A9veloppent-rapidement.html

Quelques éclairages supplémentaires pour aller plus loin :

Le contexte. Cette appétence des chercheurs pour les preprints, qu'ils en soient les lecteurs ou les auteurs, participe du profond renouvellement en cours des pratiques de publication -- et plus largement d'éditorialisation de la science.

  • L'éditeur de revues n'est plus au centre du système.
  • On peut publier sans revue (archives de preprints, meta-revues, ou encore les réseaux sociaux académiques comme ResearchGate avec de nombreuses incertitudes).
  • On peut s'évaluer autrement : la relecture par les pairs peut par exemple se faire après la publication (post-peer-review), de façon ouverte voire anonyme ou pas.
  • On peut même presque tout lire sur des plateformes pirates (cf. notre billet sur SciHub).

Des plateformes numériques dédiées aux preprints : pour faciliter la création d’entrepôts de preprint, de nouvelles offres techniques se mettent en place. Exemple : un nouveau service en ligne, l’OSF Preprint propose de créer des archives de preprints librement accessibles en ligne, utilisant l’Open Science Framework (gratuit et open-source). On peut également retrouver les différentes archives thématiques sur le site web d’OSF Preprint : en plus des nouvelles citées plus haut, AgriXiv (agriculture), BITSS (méthodologie de la recherche), engrXiv (ingénierie),  LawArXiv (droit),  PsyArXiv  (psychologie), SocArXiv  (sciences sociales), Thesis Commons (theses and dissertations), et  OSF Preprints (toutes disciplines).

Les acteurs des preprints : là encore, nous retrouvons à la fois les acteurs du libre accès, comme le Center for Open Science, et les éditeurs traditionnels, comme Elsevier ou l’ACS.

  • On voit ainsi Elsevier conforter sa présence dans le monde des prépublications avec la création successive de BioRN (juin 2017) et chemRN (août 2017), après son rachat du célèbre réseau de recherche en sciences sociales SSRN (2016) et, tout récemment, le rachat de Bepress (août 2017).
  • Des rachats qui n'ont pas fini de susciter polémique et mécontentements auprès des chercheurs inquiets de la perte d'indépendance de leurs outils de diffusion. En témoigne le lancement ces derniers jours de l'Opération beprexit (pour "bepress exit") : l'université de Penn s'organise pour quitter l'écosystème web des grands éditeurs et se tourner vers des plateformes ouvertes et librement modifiables (open source). Tous les détails sur l'opération beprexit ici

Preprint et rigueur scientifique ? Question fréquente même si le problème ne concerne pas que les preprints, ni plus largement les publications en open access : les articles relus, validés et publiés dans de grandes revues d’éditeurs scientifiques font aussi régulièrement l’objet de critiques voire de dé-publication (on parle de retraction : cf. blog Retraction Watch).

  • Attention, comme pour les revues, il existe des archives de preprints « prédatrices », de mauvaise qualité scientifique : ChemArxiv qui joue sur la ressemblance avec la toute nouvelle ChemRxiv d’ACS en cours de lancement (source ACS)

Droits et éditeurs : Liens entre preprint et la publication chez un éditeur : Pour une liste de maisons d'éditions et de revues utilisant des preprints.

Ajout du 27/10/2017
Vers une reconnaissance des preprints dans les carrières ? "Un collectif français d'institutions déclare que les preprints peuvent être pris en compte dans les CV !" (source : l'excellent blog Rédaction médicale)

Logos des institutions reconnaissant les preprints (même source)

Pour conclure en image, voici quelques logos de plateformes ("archives") de preprints :

Semaine du Libre Accès 2017 #1 Privés de savoir ?

Du 23 au 29 octobre 2017 se déroule la huitième Semaine du Libre Accès (en anglais Open Access Week, ou #OAweek sur les réseaux sociaux). Cette semaine internationale dédiée à la promotion du libre accès aux résultats de la recherche "permet à la communauté scientifique d’en savoir plus sur les bénéfices du libre accès, de partager ses connaissances et ses expériences entre collègues, et de contribuer à la promotion du libre accès" (source).

"Ouvrir pour..?" Logo édition 2017, axée sur les bénéfices concrets du libre accès

Privés de savoir ? Cette vidéo de Datagueule, basée sur des chiffres, explique pourquoi les chercheurs se tournent vers l'open access :

A l'occasion de cette semaine spéciale, nous rediffusons ici nos 3 précédents billets de présentation du libre accès :

A l'Université de La Réunion, le mouvement du libre accès est bien en marche : il l'est depuis 2010 pour les thèses (avec en outre une numérisation rétrospective pour les plus anciennes), quant aux publications scientifiques, le choix a été fait d'une diffusion dans l'archive ouverte HAL.

Retrouvez toutes nos publications sur l'open access et HAL-Réunion ici. 

Publications scientifiques en ligne : bataille autour de Sci-Hub

Le point de rentrée sur une plateforme qui bouscule les pratiques éditoriales de la recherche.

Sci-Hub est un site web qui regroupe des millions d'articles scientifiques issues de la recherche. Toutes ces publications y figurent illégalement, sans l'accord des éditeurs qui commercialisent les revues. C'est pourquoi on parle de "PirateBay des chercheurs" ou encore de "black open access", ceci par opposition aux vraies publications en "open access", ces publications légalement et librement accessibles en ligne qui se développent depuis des années pour améliorer l'accès de tous aux résultats de la recherche.
Voilà pour la terminologie qui situe bien Sci-Hub, créé en 2011, au coeur des plateformes scientifiques.

Sci-Hub est désormais le site le plus utilisé dans le monde pour l'accès aux publications scientifiques. Comment on en est-on arrivé là ? piratage, coûts toujours croissants des abonnements numériques aux revues, difficultés financières des universités, inégalités mondiales, praticité d'une plateforme unique même erratique...? Un article retrace les grandes étapes : https://scholarlykitchen.sspnet.org/2017/09/05/sci-hub-moves-center-ecosystem/

Ce que contient Sci-Hub : 68,9% de toute la recherche académique. 85,2% des articles publiés dans des revues payantes. Beaucoup d'articles très récents. Source :

source : extrait de Sci-Hub Stats Browser (09/2017)

Qui l'utilise ? une étude de 2016 l'annonce clairement : "tout le monde", dans les pays riches comme dans les pays pauvres, et y compris dans des institutions payant déjà de nombreux abonnements aux revues scientifiques en ligne : http://www.sciencemag.org/news/2016/04/whos-downloading-pirated-papers-everyone

Sci-Hub activity on 5 February 2016 - (source : cliquer sur le lien)

Des poursuites judiciaires en cours. Après Elsevier, c'est ACS qui en réclame la fermeture : https://www.insidehighered.com/quicktakes/2017/09/06/american-chemical-society-moves-block-access-sci-hub

Un site web régulièrement inaccessible. Le site change souvent d'adresse. Il peut aussi être complètement bloqué comme en septembre 2017 en Russie (blocage volontaire par sa fondatrice, en réponse à des intimidations et des critiques).

Le piratage massif signe-t-il la fin du modèle économique des abonnements payants? Y concourt déjà depuis de nombreuses années, légalement, le développement des publications en open access, dont la vogue actuelle des plateformes ouvertes de preprints est une extension (billet à venir). Si les géants de l'édition scientifique multiplient les attaques, et pas seulement contre Sci-Hub (Research Gate, Academia), ils sont aussi en train de diversifier leurs modèles économiques et leurs activités, et là aussi depuis plusieurs années : frais de publication en gold open access, rachat de plateformes de preprints (SSRN et bepress pour Elsevier), investissement dans les systèmes d'évaluation et de pilotage de la recherche.

A suivre donc !

>>> Plus d'articles sur l'édition scientifique ? suivez nos liens thématiques ci-bas

Note sur les couleurs de l'open access
- "green open access" : les auteurs ont fait légalement le choix d'une publication en ligne dans une archive ouverte (comme HAL-Réunion) ou dans des plateformes de preprints
- "gold open access", ou encore modèle "auteur payeur"  : les auteurs ou leur institution paient pour publier dans une revue avec la modalité d'une diffusion gratuite à tous de leur article
- "black (ou dark) open access" : accès pirates, il ne s'agit pas d'open access.

Publier la Science : 2 actualités qui illustrent la vitalité de l'Open Access et 1 outil pour se repérer dans les revues

HAL dans Pubmed

 bandeau HAL

Depuis quelques mois, Pubmed permet de signaler, en plus de l'article vers le site de l'éditeur, la version gratuite disponible dans une archive ouverte (lorsqu'elle existe et si les responsables de la dite archive ont fait le travail d'implémentation dans Public).

Pour la grande archive ouverte française HAL, c'est le CCSD qui est à la manœuvre : ça y est, on peut désormais retrouver les liens vers l'article en libre accès dans HAL, à côté du traditionnel lien Editeur. L'intérêt ?

"Toute personne souhaitant consulter l’article, mais ne disposant pas d’un abonnement à la revue, peut ainsi accéder au contenu du document qui l’intéresse."

Autrement dit, c'est une meilleure visibilité pour les travaux français et aussi un  service de promotion du libre accès au niveau international. L'open access vient compléter l'édition scientifique traditionnelle sur abonnement. 

Exemple : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28088052

Plus d'info dans ce billet du blog du CCSD.

Sociologie du travail rejoint OpenEdition (Revues.org) et opte pour l’accès ouvert

Autre information en provenance de la galaxie OpenEdition : "La revue Sociologie du travail met un terme au contrat qui la liait à Elsevier depuis 1999 et passe à une diffusion intégralement numérique et en accès ouvert sur OpenEdition/Revues.org."

A lire sur http://leo.hypotheses.org/13372 et revue à retrouver sur OpenEdition/Revues.org https://journals.openedition.org/sdt

Où publier ? L'outil "Think, Check, Submit" désormais francisé

A tester en ligne : http://thinkchecksubmit.org/translations/french/
La traduction française n'est pas encore optimale... mais le site web a le mérite de proposer des listes de questions utiles pour choisir sa revue. Un guide utile pour des premières publications ? Evaluation par les pairs ? revue répertoriée dans les grands annuaires officiels de l'open access comme le DOAJ s'il s'agit d'une publication en libre accès ? rôle de l'éditeur ? pays d'origine (et quelques conseils liés) ? etc. L'initiative est sans doute imparfaite là aussi, avec toute la difficulté de simplifier des parcours complexes à partir de critères qu'il faut bien choisir et qui font débat...  Un peu comme la vogue du fact-checking, à double tranchant.
Donc : à tester ! (ou pas)

Si ces sujets vous intéressent, le site web LALIST d'INIST CNRS propose une excellente veille sur l'information scientifique et technique : http://lalist.inist.fr

La Réunion était présente aux journées ETD 2016

ETD2016_lille_logo_UDL_2 ETD2016_Lille_affiche

La 19ème édition du colloque international Electronic Theses and Dissertations (ETD) a eu lieu pour la première fois en France du 11 au 13 juillet 2016, grâce à l’Université de Lille, organisatrice de l’événement avec le Networked Digital Library of Theses and Dissertations (NDLTD).

Ces journées sont avant tout l'occasion de partager les expériences et les réflexions des différents établissements sur les thèses électroniques. 118 participants de 28 pays ont ainsi échangé et les communications se sont enchaînées pendant trois jours, alternant sessions plénières et sessions parallèles.

Concernant la France, L'ABES a présenté un poster détaillant notre infrastructure nationale et deux universités ont été conviées à présenter leurs circuits et leurs réalisations concernant les thèses électroniques, celle d'Aix Marseille et celle de La Réunion.

Un co-financement entre l'Université de Lille 3, le NTLTD et l'Université de La Réunion a permis la prise en charge de la participation des BU de La Réunion à cet événement. Grâce à ces efforts conjugués, nous avons pu présenter une communication sur les thèses à l'Université de La Réunion, sur notre action en matière de gestion et de valorisation de ces travaux, sur la publication sur HAL des articles de recherche, sur les formations auprès des doctorants tout en présentant les acteurs et le contexte français des thèses électroniques.

ETD2016_LaReunion

Retrouver le support de l'intervention en ligne

Quelques éléments de la chronologie réunionnaise :

  • une attention très tôt portée à la numérisation de nos thèses, pour pallier l'éloignement entre La Réunion et la métropole
  • l'exploration de solutions logicielles pour gérer les thèses numériques de leur traitement à leur diffusion en ligne
  • le choix de la plateforme publique TEL pour promouvoir la diffusion en libre accès
  • la mise à disposition du nouvel écosystème logiciel national des thèses par l'ABES : nous avons donc rejoint les outils nationaux (cf. poster ABES)
  • l'enrichissement et la valorisation des compétences des doctorants via la construction d'une offre de formation des doctorants

Une diffusion internationale :

diffusionthesesgéo

Evolution du nombre de consultations de 7 thèses réunionnaises depuis leur mise en ligne :

progdiffusiontheses

Les données de la recherche. La thématique mise en avant cette année portait sur  "Data and Dissertations". Comment gérer les données produites par les activités de recherche  des doctorants ? collectes d'informations, statistiques, données brutes, mesures, modélisations, corpus d'interviews, sondages, etc. Comment les récupérer, comment les rendre diffusables et sous quelles conditions ? L'enjeu est l'amélioration de la diffusion des résultats de la recherche, à la fois dans une perspective d'évaluation enrichie (vérification des résultats) et dans celle de réutilisation des données pour faciliter les futurs travaux (reproductibilité des expériences, réexploitation dans d'autres études ultérieures, etc.).

Source : http://www.re3data.org/

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