Stéphanie Dafreville

«Dynamique de dispersion des espèces structurantes des écosystèmes forestiers à différentes échelles spatiales et temporelles»

Thèse dirigée par Dominique Strasberg, soutenue le 8 novembre 2013.

Résumé des travaux de recherche

L’archipel des Mascareignes (Réunion, Maurice et Rodrigues) est, avec les Seychelles, les Comores et Madagascar, l’un des 34 « hotspots » de biodiversité reconnus à l’échelle mondiale. Dans un contexte de disparition des habitats par les activités humaines, l’objectif de la thèse a été de comprendre la dynamique évolutive à différentes échelles spatiales et temporelles d’une famille d’espèces indigènes des écosystèmes forestiers, les Sapotacées. Ces espèces arborées présentent une gamme diversifiée de niveaux d’endémisme, d’abondance, de modes de régénération et de caractéristiques biologiques. La famille des Sapotacées comprend 3 genres et 14 espèces indigènes des Mascareignes (Mimusops, Labourdonnaisia et Sideroxylon) dont certaines espèces, rares et protégées, sont endémiques d’une des trois îles de l’archipel des Mascareignes.

A l’échelle de la famille, l’analyse des séquences chloroplastiques de la famille des Sapotacées a confirmé la forte différenciation entre genres avec deux clades. Le premier clade est constitué par toutes les espèces de Sideroxylon structurées en trois sous-clades distincts dont deux correspondent aux sections Eusideroxylon et Calvaria, montrant une diversité haplotypique importante. Le deuxième clade est constitué par deux sous-clades formés respectivement par les espèces de Labourdonnaisia et celles de Mimusops. Alors qu’il n’est pas possible de résoudre les relations de parenté des Mimusops, Labourdonnaisia présentent deux lignées évolutives soulevant une incongruence entre les données taxonomiques et phylogénétiques.

A l’échelle des deux lignées du genre Sideroxylon (Sections Eusideroxylon et Calvaria), l’analyse des marqueurs microsatellites chloroplastiques a montré une forte diversité haplotypique à la fois chez des espèces communes comme S. borbonicum ou rares comme S. majus associé à différenciation marquée entre l’île Maurice et la Réunion au sein des deux lignées. De plus, il a été mis en évidence des patrons de structure de la diversité génétique différents selon l’île et l’espèce considérée : une structure spécifique dans le genre Sideroxylon de la section Calvaria à Maurice et une structure géographique chez S. cinereum de Maurice et les espèces réunionnaises.

A l’échelle de la lignée des Sideroxylon de la section Calvaria, les marqueurs microsatellites nucléaires ont permis d’identifier clairement toutes les espèces avec une forte différenciation entre S. majus de la Réunion et l’ensemble des espèces mauriciennes. A Maurice, la différenciation est plus marquée entre S. grandiflorum et les deux autres espèces S. sessiliflorum et S. boutonianum avec des évènements d’hybridation entre ces deux dernières espèces possibles.

A l’échelle de S. majus de la Réunion, une très forte diversité génétique structurée en trois groupes génétiques a été mise en évidence à l’aide de marqueurs microsatellites nucléaires. La comparaison de la diversité génétique des cohortes des adultes et des juvéniles ne présente pas d’érosion génétique. Des méthodes de conservation sont proposées en fonction de ces caractéristiques génétiques pour S. majus, espèce rare en danger.

L’ensemble des résultats montre des niveaux de diversité et de structure différents selon les espèces et les lignées évolutives, soulignant la nécessité d’études comparées à différentes échelles spatiales et temporelles.

Publication

Isolation and characterization of microsatellite markers of an endangered tropical tree, Sideroxylon majus, and cross-species amplification in other Sapotaceae species (2011) Conservation Genetics Resources, 3(4), 701-704.